Bien que les principales thématiques de recherche du service concernent les pneumopathies interstitielles et de l’immunodéprimé, ainsi que les maladies vasculaires pulmonaires, d’autres recherches sont conduites. Les collaborateurs du service mènent leurs propres projets de recherche, tout en participant également à des études multicentriques et à des registres, tant au niveau national qu’international.
Un des objectifs du service et de rendre accessible les nouveaux traitements aux patients en s'engageant dans des études internationales évaluant des traitements ou des procédures innovants, en collaboration avec le Centre de recherche clinique.