Surveillance des mutations par PCR à Genève
Les sous-lignées BA.4 et BA.5 d'Omicron contiennent une délétion qui entraîne un échec de l'amplification de la cible du gène S dans notre test PCR (appelée « S-gene dropout »). Cette délétion n'est pas retrouvée dans le variant BA.2 qui est devenu majoritaire en mars 2022 dans la région genevoise. Par conséquent, ce « S-gene dropout » peut être utilisé comme proxy pour suivre le remplacement de BA.2 par les lignées BA.4 et BA.5.
Comme on le voit ci-dessous, le pourcentage de tests PCR avec « S-gene dropout » a rapidement augmenté au courant du mois de juin, pendant lequel les variants BA.4/5 ont remplacé BA.2.
Au vu de ces résultats, depuis la semaine 26, le laboratoire de virologie ne fait plus systématiquement de PCR additionnelle à la recherche du S-gene DropOut. Le suivi des variants est assuré par séquençage dans le cadre du programme national de séquençage du SARS-CoV-2 (https://www.hug.ch/centre-maladies-virales-emergentes/programme-sequencage-national-du-sars-cov-2)
