Programme de séquençage national du SARS-CoV-2

L'Office Fédéral de la Santé Publique a mandaté le CRIVE-HUG à partir du 1er mars 2021 pour assurer la coordination du programme national de surveillance génomique du SARS-CoV-2. L'objectif est la détection des variants cliniquement pertinents, notamment identifier ceux qui se transmettent mieux, d'évaluer leur prévalence relative, et de surveiller l'apparition de mutations qui pourraient influencer la prise en charge clinique du Covid-19.

Lors de sa première année, en réunissant 3 plateformes de séquençage en Suisse et jusqu'à 11 laboratoires en Suisse, le projet a permis le séquençage hebdomadaire d'environ 2000 génomes SARS-CoV-2 complets. Les séquences ont systématiquement été déposées à la fois dans la plateforme GISAID ainsi que la plateforme suisse de surveillance des pathogènes (SPSP). Ceci a permis d'analyser suffisamment d'échantillons positifs pour avoir une image représentative de la situation en Suisse. Une caractérisation immunologique de base des variants significatifs circulant en Suisse (VOCs et VOIs) a également été effectuée dans le cadre du programme.

Le laboratoire de virologie des Hôpitaux Universitaires de Genève est l'un des deux laboratoires ayant participé à une surveillance renforcée, et contribua jusqu'à hauteur de 350 séquences par semaine.

Depuis le 1er janvier 2023, le programme de surveillance génomique se concentre prioritairement sur les variants du virus qui provoquent une évolution grave de la maladie et entraînent une hospitalisation tout en continuant à surveiller la transmission communautaire par des échantillons obtenus par le système de surveillance suisse Sentinella. Le mandat actuel a réduit le séquençage hebdomadaire à environ 200 génomes SARS-CoV-2 complets par semaine pour l’ensemble de la Suisse (l’ensemble du séquençage est effectué au Health 2030 genome center).

L'analyse centralisée de cette surveillance nationale est effectuée en collaboration avec les groupes du Pr. Neher, Pr. Stadler et du Dr. Althaus. L'épidémiologie des variants est accessible via Nextstrain, Covariant et Cov-Spectrum. Un rapport est publié chaque mois, coordonné par le Centre des maladies virales émergentes (voir ci-dessous).

Ce travail est réalisé en étroite collaboration avec le groupe de travail scientifique national suisse COVID-19 et l'Institut suisse de bioinformatique (SIB).