L'Office Fédéral de la Santé Publique a mandaté le CRIVE-HUG à partir du 1er mars 2021 pour assurer la coordination du programme national de surveillance génomique du SARS-CoV-2. L'objectif est la détection des variants cliniquement pertinents, notamment identifier ceux qui se transmettent mieux, d'évaluer leur prévalence relative, et de surveiller l'apparition de mutations qui pourraient influencer la prise en charge clinique du Covid-19.
Lors de sa première année, en réunissant 3 plateformes de séquençage en Suisse et jusqu'à 11 laboratoires en Suisse, le projet a permis le séquençage hebdomadaire d'environ 2000 génomes SARS-CoV-2 complets. Les séquences ont systématiquement été déposées à la fois dans la plateforme GISAID ainsi que la plateforme suisse de surveillance des pathogènes (SPSP). Ceci a permis d'analyser suffisamment d'échantillons positifs pour avoir une image représentative de la situation en Suisse. Une caractérisation immunologique de base des variants significatifs circulant en Suisse (VOCs et VOIs) a également été effectuée dans le cadre du programme.
Le laboratoire de virologie des Hôpitaux Universitaires de Genève est l'un des deux laboratoires ayant participé à une surveillance renforcée, et contribua jusqu'à hauteur de 350 séquences par semaine.
Depuis le 1er janvier 2023, le programme de surveillance génomique se concentre prioritairement sur les variants du virus qui provoquent une évolution grave de la maladie et entraînent une hospitalisation tout en continuant à surveiller la transmission communautaire par des échantillons obtenus par le système de surveillance suisse Sentinella. Le mandat actuel a réduit le séquençage hebdomadaire à environ 200 génomes SARS-CoV-2 complets par semaine pour l’ensemble de la Suisse (l’ensemble du séquençage est effectué au Health 2030 genome center).
L'analyse centralisée de cette surveillance nationale est effectuée en collaboration avec les groupes du Pr. Neher, Pr. Stadler et du Dr. Althaus. L'épidémiologie des variants est accessible via Nextstrain, Covariant et Cov-Spectrum. Un rapport est publié chaque mois, coordonné par le Centre des maladies virales émergentes (voir ci-dessous).
Ce travail est réalisé en étroite collaboration avec le groupe de travail scientifique national suisse COVID-19 et l'Institut suisse de bioinformatique (SIB).
Circulation des variants SARS-CoV-2 en Suisse - rapport mensuel
Swiss national SARS-CoV2 genomic and variants surveillance program: report of the month of January 2024
Swiss national SARS-CoV-2 genomic surveillance program report for February 2024
Swiss national SARS-CoV-2 genomic surveillance program report for March and April 2024
Swiss national SARS-CoV-2 genomic surveillance program report for May June and July 2024
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of December 2023
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of November 2023
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of October 2023.
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of September 2023.
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of August 2023
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of July 2023
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of June 2023
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of May 2023
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of April 2023
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of March 2023
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of February 2023
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of January 2023
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of December 2022
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of Novembre 2022
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of October 2022
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of September 2022
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of August 2022
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of July 2022
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of June 2022
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of May 2022
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of April 2022
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of March 2022
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of February 2022
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of January 2022
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of December
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of November
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of October
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of September
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of August
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of July
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of June
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of May
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: brief intermediate report, focus on C.36.3
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: first report March-April 2021
Circulation des variants SARS-CoV-2 en région genevoise - rapport bimensuel
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