Programme de séquençage national du SARS-CoV-2

Adresse

Rue Gabrielle-Perret-Gentil 4
1205 Genève
Suisse

Isabella Eckerle
Pre
Isabella Eckerle
Médecin responsable du Centre
Laurent Kaiser
Pr
Laurent Kaiser
Chef de service
Docteur
Pascal Cherpillod
Biologiste responsable du CRIVE
Docteur
Pauline Vetter
Médecin du Centre

L'Office Fédéral de la Santé Publique a désigné le CRIVE-HUG comme centre de coordination de la surveillance par séquençage du génome entier en Suisse à partir du 1er mars 2021. L'objectif est d'établir un réseau de surveillance génomique du SARS-CoV-2 afin d'identifier rapidement les nouveaux variants préoccupants et/ou les variants d'intérêts et d'évaluer leur prévalence relative. Le projet vise à séquencer chaque semaine environ 10% de tous les spécimens positifs à travers la Suisse. En moyenne, 2000 génomes devraient être déposés chaque semaine pendant les 13 mois que durera le projet. Ceci devrait permettre d'analyser suffisamment d'échantillons positifs pour avoir une image représentative de la situation en Suisse, et sera complété par une approche plus systématique dans des sites Sentinelles dédiés. Une caractérisation immunologique de base des variants significatifs circulant en Suisse (VOCs et VOIs) est également prévue dans le cadre du programme.

Le laboratoire de virologie des Hôpitaux Universitaires de Genève est l'un des deux laboratoires qui sert de laboratoire de surveillance Sentinelle, et contribuera avec près de 350 séquences par semaine, ou autant que possible en fonction du nombre de cas positifs chaque jour.

Les données de séquençage traitées seront partagées ouvertement dans les 14 jours suivant le résultat positif de la PCR par l'intermédiaire de la plateforme GISAID et, éventuellement, de la plateforme suisse de surveillance des pathogènes (SPSP). L'analyse centralisée de cette surveillance nationale sera effectuée par les groupes du Pr. Neher, Pr. Stadler et du Dr. Althaus, où les variantes préoccupantes seront dénombrées, analysées et où toutes les séquences seront scannées à la recherche de nouvelles variantes susceptibles de modifier les interactions anticorps-Spike. L'épidémiologie des variantes est accessible via Nextstrain, Covariant et Cov-Spectrum.

Ce travail est réalisé en étroite collaboration avec le groupe de travail scientifique national suisse COVID-19 et l'Institut suisse de bioinformatique (SIB).
 

Circulation des variants SARS-CoV-2 au niveau national - rapport mensuel

Circulation des variants SARS-CoV-2 en région genevoise - rapport hebdomadaire

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Dernière mise à jour : 08/02/2023