Programme de séquençage national du SARS-CoV-2

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Adresse

Rue Gabrielle-Perret-Gentil 4
1205 Genève
Suisse

L'Office Fédéral de la Santé Publique a désigné le CRIVE-HUG comme centre de coordination de la surveillance par séquençage du génome entier en Suisse à partir du 1er mars 2021. L'objectif est d'établir un réseau de surveillance génomique du SARS-CoV-2 afin d'identifier rapidement les nouveaux variants préoccupants et/ou les variants d'intérêts et d'évaluer leur prévalence relative. Le projet vise à séquencer chaque semaine environ 10% de tous les spécimens positifs à travers la Suisse. En moyenne, 2000 génomes devraient être déposés chaque semaine pendant les 13 mois que durera le projet. Ceci devrait permettre d'analyser suffisamment d'échantillons positifs pour avoir une image représentative de la situation en Suisse, et sera complété par une approche plus systématique dans des sites Sentinelles dédiés. Une caractérisation immunologique de base des variants significatifs circulant en Suisse (VOCs et VOIs) est également prévue dans le cadre du programme.

Le laboratoire de virologie des Hôpitaux Universitaires de Genève est l'un des deux laboratoires qui sert de laboratoire de surveillance Sentinelle, et contribuera avec près de 350 séquences par semaine, ou autant que possible en fonction du nombre de cas positifs chaque jour.

Les données de séquençage traitées seront partagées ouvertement dans les 14 jours suivant le résultat positif de la PCR par l'intermédiaire de la plateforme GISAID (https://www.gisaid.org) et, éventuellement, de la plateforme suisse de surveillance des pathogènes (SPSP). L'analyse centralisée de cette surveillance nationale sera effectuée par les groupes du Pr. Neher, Pr. Stadler et du Dr. Althaus, où les variantes préoccupantes seront dénombrées, analysées et où toutes les séquences seront scannées à la recherche de nouvelles variantes susceptibles de modifier les interactions anticorps-Spike (https://nextstrain.org/groups/swisshttps://covariants.org/per-countryhttps://cov-spectrum.ethz.ch). 

Ce travail est réalisé en étroite collaboration avec le groupe de travail scientifique national suisse COVID-19 et l'Institut suisse de bioinformatique (SIB).

Circulation des variants SARS-CoV-2 au niveau national - rapport mensuel

Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of April 2022
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of March 2022
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of February 2022
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of January 2022
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of December
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of November
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of October
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of September
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of August
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of July
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of June
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: report of the month of May 
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: brief intermediate report, focus on C.36.3
Swiss national SARS-CoV-2 genomic and variants surveillance program: first report March-April 2021

Circulation des variants SARS-CoV-2 en région genevoise - rapport hebdomadaire

2022:
Week 1 - Week 2 - Week 3 - Week 4 - Week 5 - Week 6 - Week 7 - Week 8 - Week 9 - Week 10-11 - Week 12 - Week 13 - Week 14 - Week 15 - Week 16-17 - Week 18-19 - Week 20-21 - Week 22-23

2021:
Week 3 - Week 4 - Week 5 - Week 6 - Week 7 - Week 8 - Week 9 - Week 10 -  Week 11 - Week 12 - Week 13 - Week 14 - Week 15 - Week 16 - Week 17 - Week 18 - Week 19 - Week 20 - Week 21 - Week 22 - Week 23 - Week 24 - Week 25 - Week 26 - Week 27 - Week 28 - Week 29 - Week 30 - Week 31 - Week 32 - Week 33-34 - Week 35-36 - Week 37-38 - Week 39-40 - Week 41-42 - Week 43 - Week 44 - Week 45 - Week 46 - Week 47 - Week 48 - Week 49 - Week 50 - Week 51

 

Dernière mise à jour : 20/06/2022