L’hypnose et ses effets thérapeutiques ont été étudiés dès le 18e siècle.
Franz Anton Mesmer, médecin allemand, fut, en 1773, le premier à tenter d’expliquer le phénomène hypnotique. Sa théorie du "magnétisme animal", encore appelée "mesmérisme" est considérée comme le précurseur de l'hypnose moderne. Il y décrivait l'existence d'un fluide magnétique universel dont on pouvait faire une utilisation thérapeutique. Toutefois, l'Académie des sciences de Paris refusa d’accréditer le magnétisme animal et condamna sa pratique en 1784. De même, le comité scientifique nommé par le roi Louis XVI réfuta cette théorie et attribua les traitements réussis de Mesmer à des mécanismes psychologiques.
Le concept de magnétisme a cependant persisté et a été adopté par un certain nombre de médecins. Le chirurgien anglais James Esdaile (1808-1859), qui travaillait en Inde, a notamment réalisé 345 opérations (amputations de membres, ablations du sein et excision de tumeurs) en utilisant la technique de "mesmérisme". Il décrit pour chacune d’elles une bonne analgésie et un faible taux de mortalité. Il devint professeur à l'université de Londres en 1831, mais dû démissionner en 1838, sous la pression du journal Lancet, qui rejeta sa pratique et ses conclusions.
Les études se poursuivent tout de même et en 1841, l’ophtalmologue James Braid développe la théorie du monoïdisme, selon laquelle la concentration sur une seule et unique pensée conduirait à un état de sommeil neurologiquement conditionné. Il posa ainsi les bases scientifiques de ce qu'il va finalement appeler "l'hypnose".
A partir de 1846, dans le contexte de l’introduction de l'anesthésie à l'éther et au chloroforme, la pratique de l’hypnose recule rapidement.
Il faudra attendre 1891 pour que l’hypnose revienne sur le devant de la scène. Cette année-là, la British Medical Association charge un groupe de médecins d'enquêter sur l'hypnotisme. Après une évaluation approfondie, le comité d'experts conclut qu’il se révèle efficace dans le traitement de la douleur, des troubles du sommeil et des symptômes fonctionnels. En 1892, l’association recommande même à l'unanimité son application thérapeutique.
Une vision moderne de l’hypnose a été apportée par le psychiatre américain Milton Erickson (1901-1980), qui a consacré de nombreux travaux à l'hypnose thérapeutique.
Son approche innovante repose sur sa conviction que le patient possède en lui-même les ressources pour répondre de manière appropriée aux situations rencontrées: il s'agit par conséquent de l’inciter à utiliser ses compétences et ses possibilités d'adaptation personnelles. L’utilisation de suggestions permet ainsi de sortir des approches autoritaires encore utilisées parfois dans l’hypnose de spectacle. Atteint de poliomyélite à l'âge de dix-sept ans, Milton Erickson a été une figure emblématique du «guérisseur blessé», expérimentant sur lui-même, lors de sa réadaptation, certains phénomènes qu'il met ensuite en application auprès de ses patients.
Au 21e siècle, avec la montée en puissance de la médecine basée sur des preuves, les praticiens de l'hypnose clinique éprouvent le besoin de réaliser des études scientifiques approfondies.
La première revue détaillant l’efficacité de l'hypnose a ainsi été publiée en 2002 , en langue allemande. Puis, en 2003, le Comité consultatif scientifique allemand sur la psychothérapie rédige un rapport d’évaluation sur l’efficacité de l'hypnothérapie. Il y conclut qu’elle peut être considérée comme une technique scientifiquement valable pour le traitement, chez les adultes, des facteurs mentaux et sociaux dans les maladies somatiques, dans le traitement de la toxicomanie et du sevrage du tabac et de la méthadone.
C'était le début d'une nouvelle ère pour l'hypnose clinique, dont l'efficacité si souvent observée est maintenant basée sur des faits objectifs - notamment obtenus par la neuroimagerie fonctionnelle.