Dans le cadre de son activité de routine et des centre nationaux de références (CRIVE, CNRI et CNRRR), le laboratoire de virologie effectue depuis de nombreuses années des analyses accréditées de séquençage dit « classique » (méthode Sanger) pour la recherche de résistances aux antiviraux (virus suivants: HIV, HCV, influenza et plus récemment également SARS-CoV-2) ainsi que pour des analyses de génotypage (virus suivants : HIV, HCV, rougeole, rubéole, influenza et entérovirus).
En parallèle, fort de son expertise acquise dans le cadre de son activité de recherche, le laboratoire effectue également sur demande spécifique des analyses de séquençage à haut-débit pour la recherche de génomes viraux au sein de divers prélèvement cliniques (LCR, plasma, frotti respiratoire…). Depuis mars 2021, le laboratoire de virologie est notamment en charge de la coordination du programme national de surveillance génomique du SARS-CoV-2 ayant permis à ce jour l’obtention de plus de 100'000 séquences de génomes complets.