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Analyses moléculaires (RT-PCR en temps réel) : le laboratoire effectue des analyses par PCR dans la plupart des matériels disponibles. Ces analyses sont réparties en plusieurs grands groupes (liste non exhaustive):
- Détection des virus dans le sang veineux (virémie). Certains virus peuvent être quantifiés (Hépatites B et C, VIH, Cytomégalovirus, Epstein-Barr, Virus BK, Adénovirus, Herpès Virus 6, Parvovirus B19) pour un suivi de réactivation post-transplantation ou d’infections chroniques.
D’autres sont rendus de manière qualitative pour suivre des réactivations ou détecter des primo-infections (Hépatites A et E, Herpès Virus 1, 2 et 8) y compris pour des virus émergents ou exotiques (Yellow Fever, Dengue, Chikungunya, West-Nile virus,…)
- Infections respiratoires virales. Différents panels ont été mis en place pour cibler les prescriptions en fonction du contexte clinique : panel Flu-VRS en hiver (Influenza A/B - Virus Respiratoire Syncytial), panel intermédiaire pour les infections communautaires (Rhinovirus, Metapneumovirus, Parainfluenza 1/3) et panel complet réservé aux immuno-supprimés, soins intensifs ou sur consultation spécifique (Parainfluenza 1 à 4, Metapneumovirus, Coronavirus endémiques, Bocavirus, Rhinovirus, Adénovirus). Le matériel peut être un frottis naso-pharyngé, une aspiration bronchique ou un liquide broncho-alvéolaire, voire de la salive dans le cas particulier du SARS-CoV2.
- Infections du système nerveux central. Sur une ponction lombaire de liquide céphalo-rachidien, un panel de base comprenant virus et bactéries est proposé pour les consultations de méningites ou encéphalites (Herpès virus 1, 2 et 6, Varicella Zoster virus, Entérovirus, Paréchovirus, Cytomégalovirus). Des analyses ciblées peuvent être demandées en fonction des antécédents du patient (virus JC, Toxoplasma, Epstein-Barr Virus, VIH…)
- Infections entériques. Sur un prélèvement de selles natives, un panel de base est proposé qui couvre différentes situations d’épidémies communautaires, que ce soit des personnes âgées, des enfants ou des rassemblements divers (Norovirus 1/2, Rotavirus, Adénovirus et Entérovirus). Des virus spécifiques à des situations particulières peuvent être demandés (Astrovirus, Sapovirus, Hépatite A ou E)
Proposition pour casser le panel : Infections entériques. Le laboratoire offre la possibilité d’analyser différents virus en fonction du contexte du patient : personnes âgées en communauté (Norovirus 1/2, Rotavirus), enfants en communauté (Entérovirus), retour de voyage (???), adultes en communauté – casernes – croisières… (Norovirus 1/2, Rotavirus, Adénovirus), personnes immunosupprimées ( ???)
- Autres infections. Frottis cutané, génital, muqueuses (Herpès simplex 1/2, Varicella Zoster virus, Papillomavirus), frottis oculaire (Herpès simplex 1/2, Varicella Zoster virus, Adénovirus), liquide oculaire (Cytomégalovirus, Epstein-Barr virus, Herpès simplex 1/2, Varicella Zoster virus, Toxoplasma), ponction médullaire (Herpès virus 6, Parvovirus B19), urine (Adénovirus, BK virus, Cytomégalovirus, Zika)
Toute demande particulière sur un matériel non listé peut aussi être discutée et peut être réalisée dans les limites techniques disponibles et sera rendue « sous réserve », non accréditée (biopsies, ongles, sperme…)