Composées d'accompagnants, de secrétaires et de bénévoles, ces équipes sont déployées sur la quasi-totalité des sites de l'hôpital. La plupart disposent de bureaux et animent des lieux de culte (chapelles) ainsi que des espaces de recueillement conçus pour une population plus large, avec ou sans traditions religieuses. D'autres équipes fonctionnent sur appel depuis l'extérieur. Les équipes d'aumônerie sont réparties comme suit :
- Bellerive
- Cluse-Roseraie (Hôpital cantonal- bâtiments d'hospitalisation, Maternité, Pédiatrie, Beau-Séjour, Maison de l'enfance et de l'adolescence)
- Trois-Chêne
- Loëx
- Belle-Idée (Psychiatrie)
- Joli-Mont