Conformément à la décentralisation, chaque département est dirigé par un chef de département, assisté par un comité de gestion. Son rôle est de veiller à la bonne application dans le département et ses services :
- des dispositions légales et réglementaires
- des décisions du Conseil d’Etat et du conseil d’administration
- des décisions du comité de direction et de la direction générale.
Dans le cadre des ressources qui lui sont accordées, chaque comité de gestion :
- adopte le projet de budget des recettes et des dépenses de son département et ses services
- s’assure de la bonne exécution du budget voté
- supervise la conduite de projets particuliers
- adopte le rapport d’activités et les comptes.
En 2016, chaque comité de gestion s’est réuni une dizaine de fois ; ils ont été présidés par :
- Prof. Anne-Françoise Allaz, cheffe du département de médecine interne, de réhabilitation et de gériatrie (11 séances)
- Patrick Armaingaud, directeur du département d’exploitation jusqu’à fin février 2016, puis François Taillard dès le 1er mars 2016 et Didier Gevaux dès le 1er décembre 2016 (10 séances)
- Prof. Jean-Michel Aubry, chef du département de santé mentale et de psychiatrie (10 séances)
- Prof. Christoph Becker, chef du département d’imagerie et des sciences de l’information médicale (11 séances)
- Prof. Dominique Belli, chef du département de l’enfant et de l’adolescent (10 séances)
- Prof. Jean-Michel Gaspoz, chef du département de médecine communautaire, de premier recours et des urgences (11 séances)
- Prof. Denis Hochstrasser, chef du département de médecine génétique et de laboratoire (7 séances)
- Prof. Olivier Irion, chef du département de gynécologie et d’obstétrique (12 séances)
- Prof. Pierre-Yves Martin, chef du département des spécialités de médecine (10 séances)
- Prof. Philippe Morel, chef du département de chirurgie (11 séances)
- Prof. Armin Schnider, chef du département des neurosciences cliniques (11 séances)
- Prof. Martin Tramèr, chef du département d’anesthésiologie, de pharmacologie et des soins intensifs (11 séances)
- Dr Gilbert Zulian, chef du département de réadaptation et de médecine palliative (11 séances)