Après une formation médicale en Albanie (obtention du diplôme fédéral de médecine en 2019), et grâce au soutien d’une bourse d'excellence de la Confédération suisse, Indrit Bègue poursuit un master en neurosciences à l’Université de Genève (UNIGE) suivi d'un doctorat (PhD) à l'École lémanique des neurosciences des Universités de Genève et de Lausanne qu'elle a achevé en 2016.
En parallèle, elle a complété une formation de spécialiste en psychiatrie et psychothérapie aux Hôpitaux Universitaires de Genève (HUG), débutant en tant qu'assistante puis devenant cheffe de clinique scientifique. Indrit Bègue s'est ensuite spécialisée en neuromodulation non-invasive par stimulation magnétique (TMS) aux États-Unis, au Beth Israel Deaconess Medical Center et au McLean Hospital, deux établissements affiliés à la Harvard Medical School, avec le soutien de la Fondation Cloëtta (Bourse Médicine Clinique Plus) et des HUG.
Ses recherches se concentrent sur les dysfonctionnements de la motivation et de la cognition, notamment dans le contexte de la schizophrénie, avec un intérêt particulier pour le cervelet. En intégrant des techniques d'imagerie cérébrale avancée et de stimulation non invasive pour restaurer les circuits cérébraux sains (brain circuitry therapeutics), elle explore leur potentiel thérapeutique en essai clinique randomisée. Elle bénéficie du soutien de la Fondation Leenaards (Prix de la Recherche biomédicale translationnelle en 2023), et collabore étroitement avec des chercheurs en sciences fondamentales et en sciences des données pour des études de neuro-imagerie et de stimulation cérébrale inter-espèces.
En parallèle de son activité clinique, de recherche et d’enseignement, Indrit Bègue est présidente du YouCliN (Task force de la SFCNS) ainsi que membre du conseil d'administration du Swiss Health Brain Plan participant activement à la promotion de la recherche en santé cérébrale en Suisse.
En novembre 2023, suite à une sélection par concours international, Indrit Bègue a rejoint le Centre Synapsy de recherche en neurosciences pour la santé mentale et le Département de psychiatrie de la Faculté de médecine de l'UNIGE en tant que professeure assistante (tenure-track). En juillet 2024, elle a également été nommée médecin hospitalo-universitaire au service de psychiatrie adulte des HUG, avec pour mission de développer la stimulation non invasive pour les troubles psychiatriques résistants.