Suivi des variants et mutations par PCR aux HUG

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1205 Genève
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Isabella Eckerle
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Isabella Eckerle
Médecin responsable du Centre
Laurent Kaiser
Pr
Laurent Kaiser
Chef de service
Docteur
Pascal Cherpillod
Biologiste responsable du CRIVE
Docteur
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Médecin du Centre
Contenu

Suivi des variants BA.4 et BA.5 par PCR « S-gene dropout »

Les sous-lignées BA.4 et BA.5 d'Omicron contiennent une délétion qui entraîne un échec de l'amplification de la cible du gène S dans un test PCR (appelé « S-gene dropout »). Cette délétion n'est pas retrouvée dans le variant BA.2 qui était devenu majoritaire en mars 2022 dans la région genevoise. Par conséquent, cette PCR a été utilisée comme proxy pour suivre le remplacement de BA.2 par les lignées BA.4 et BA.5. Comme on le voit ci-dessous, le pourcentage de tests PCR avec « S-gene dropout » a rapidement augmenté au cours du mois de juin jusqu’à remplacer le BA.2. 

Au vu de ces résultats, depuis la semaine 26, le laboratoire de virologie ne fait plus systématiquement de PCR additionnelle à la recherche du S-gene DropOut. Le suivi des variants est assuré par séquençage dans le cadre du programme national de séquençage du SARS-CoV-2.
 

Suivi de la mutation 346T

La mutation R:346T a été décrite comme mutation d’échappement à l’anticorps monoclonal cilgavimab, qui est donné en concomitance avec le tixagevimab et connu sous le nom d’evusheld. Il s’agit d’une mutation sur la protéine spike au niveau de l’acide aminée 346 : L’arginine (R) est remplacée par l’acide aminée thréonine (T). Selon des données de neutralisation in vitro, les variants circulant actuellement (des sous-variants de BA.4 et BA.5 majoritairement) échappent au tixagevimab. La mutation 346T permet en plus d’échapper au cilgavimab, selon des données de neutralisation in vitro et signerait donc une perte d’efficacité complète de l’Evusheld. 
Pour se rendre compte de la prévalence de cette mutation dans la population genevoise, une PCR (TIB Molbiol) est réalisée une fois par semaine sur 80-90 échantillons. Ces mêmes échantillons sont ensuite séquencés par le programme de surveillance nationale et contiennent prioritairement des patient∙es hospitalisé∙es. 

Par ailleurs, cette PCR ne permet que d’identifier avec un haut grade de certitude la mutation 346T, mais des mutations d’autres acides aminées comme Serine (S) et Isoleucine (I) ont également été décrites comme permettant un échappement au cilgavimab. Ces résultats sont mis à jour bi-mensuellement dans le rapport hebdomadaire sur la circulation des variants en région genevoise accessibles ICI.
 

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Dernière mise à jour : 19/12/2022