Actualités du Centre des maladies virales émergentes

Nous avons le plaisir de vous annoncer que le Centre des maladies virales émergentes de l’Université de Genève (UNIGE) et des Hôpitaux universitaires de Genève (HUG), en collaboration avec l’Institut fédéral de virologie et d’immunologie (IVI) et la Faculté Vetsuisse de l’Université de Berne (UNIBE), font partie du réseau mondial CoViNet. Ce réseau international de recherche, lancé par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) et opérationnel dans 20 pays, a pour objectif la détection précoce, l’analyse et la surveillance des coronavirus à l'échelle mondiale.
Les membres de CoViNet se sont réunis à Genève les 26 et 27 mars 2024 pour établir leurs priorités stratégiques et coordonner leurs actions. Pour plus d’informations, veuillez consulter les communiqués de presse suivants.

• Communiqué de presse des HUG ici.
• Communiqué de presse de l'UNIGE ici.

Chers collègues et amis de notre Centre,

2023 a été une année remarquable, marquée par de nombreuses réalisations dans notre quête de lutte contre les menaces virales émergentes. 

Nous vous invitons à parcourir les pages de cette lettre d'information, où vous trouverez une compilation des faits marquants qui résument l'essence de la mission et de la vision de notre Centre. 

Nous nous réjouissons d'un avenir rempli de collaboration, de découverte et d'impact transformateur. 

Nous vous remercions une fois de plus pour votre soutien continu.

Bonne lecture

Cliquer ici.

Les centres de références et le laboratoire de virologie des HUG assurent le diagnostic des infections virales communes, rares ou émergentes, 24/24 et 7/7. Au vu de la capacité de mutation des virus, ce travail nécessite aussi de s’assurer de la continuelle performance des tests utilisés.

Le diagnostic de la rougeole se fait par détection du matériel génomique du virus (ARN) par RT-PCR, et détection des anticorps. Ici, nous montrons qu’un variant circulant en Suisse présente des mutations dans le site d’hybridation des amorces d’un test de RT-PCR couramment utilisé pour le diagnostic, pouvant impacter la sensibilité du test.

Article disponible ici.

Rapport sur l'évaluation rapide du test de diagnostic rapide de l'antigène du SRAS-CoV-2 pour Omicron JN.1

Du 11 au 15 décembre 2023, la Dre Frédérique Jaquerioz Bausch du Centre des maladies virales émergentes rejoindra une équipe d’experts de l’OMS à Ndola en Zambie, pour donner une formation sur la maladie à virus Ebola et Marburg.

Organisé conjointement par l’OMS et le ministère de la santé zambien, cette formation permettra à une trentaine de cliniciens du pays de se familiariser avec la prise en charge clinique des patients, y compris les traitements, les vaccins et les mesures de contrôle de l’infection afin de prodiguer des soins optimaux et de travailler en toute sécurité dans un centre de traitement.

La semaine se terminera par une journée de simulation dans un centre avec des patients acteurs.

Avoir des équipes formées dans les pays à risque est crucial pour endiguer rapidement et efficacement les flambées épidémiques.

Nous sommes heureux d'accueillir la Pre Kanta Subbarao nous parlera de «SARS-CoV-2 biology, antivirals and vaccines». (Conférence en anglais).

Mercredi 6 décembre 2023 | 11h00
 

Pre Kanta Subbarao est directrice du Centre collaborateur de l'OMS pour la grippe et professeur au département de microbiologie et d'immunologie de l'université de Melbourne à l'Institut Peter Doherty. Elle est médecin scientifique et ses recherches sont axées sur les maladies virales émergentes et réémergentes d'importance mondiale, notamment la grippe pandémique et saisonnière et les coronavirus. Elle est membre de l'Australian Academy of Health and Medical Sciences, de l'American Academy of Microbiology et de l'Infectious Diseases Society of America.

"Séquençage direct à partir de tests rapides antigéniques (RDT) NS1 positifs:  une alternative pragmatique et robuste pour la surveillance génomique du virus de la dengue".

Dans cette étude nous démontrons la possibilité de séquencer par mNGS le génome du virus de la dengue directement à partir de cassettes Ag-RDT positives conservées plus de 4 semaines à température ambiante. Notre protocole permet non seulement de déterminer les sérotypes mais également les génotypes. De ce fait, une telle approche devrait contribuer à faciliter la surveillance génomique du virus de la dengue.

Lien ( article en anglais).

Veuillez trouver ci-joint le résultat de l'évaluation de deux différents tests de détection rapide de l'antigène du SRAS-CoV-2 pour les variantes d'Omicron EG.5 en utilisant des échantillons cliniques restants, réalisée par l'équipe du centre de Genève pour les maladies virales émergentes.

En bref, l'équipe a évalué rétrospectivement la précision des tests antigéniques rapides Abott et Wondfo quant à leur capacité à détecter les sous-lignées Omicron EG.5. Les deux Ag-RDT ont fait preuve d'une sensibilité comparable dans la détection du virus. Leurs performances étaient cohérentes avec celles des variantes du SARS-CoV-2 précédemment examinées, que nous avons réalisées avec la même méthodologie.

Les Centres facultaires et hospitaliers de vaccinologie et des maladies virales émergentes ont organisé leur première retraite conjointe pour renforcer leurs liens et stimuler les nombreux projets de recherches et activités complémentaires qui lient ces deux Centres, ce qui inclut la recherche, les activités cliniques mais aussi des activités d'expertise de haut niveau pour l'OMS.

Au total, plus de 40 chercheurs, techniciens, médecins cliniciens et coordinateurs de projets se sont réunis pour présenter leurs projets et donner un aperçu des capacités techniques et des infrastructures existantes. Les ateliers ont été consacrés aux synergies futures entre les deux centres et aux domaines de recherche.

Cette retraite a été l’occasion, grâce à de multiples présentations et workshops de créer de nouveaux liens entre les équipes, de favoriser les synergies et collaborations, ainsi que de mettre en lumière les compétences uniques des deux Centres : recherche translationnelle, optimisation des soins aux patients et contribution à la santé publique.

Cet événement, que nous espérons renouveler prochainement, permettra de fédérer de nombreux groupes de notre faculté travaillant dans le domaine de l’immuno-vaccinologie, des infections et des maladies virales.

Le 11.09.2023, le département de la santé du Kerala a suspecté la présence du virus Nipah chez deux patients décédés, ce qui a été confirmé par la suite.

Au 17.09.2023, six cas ont été signalés, dont deux sont décédés, et plus de 1 000 personnes ont été considérées comme des contacts. Ce foyer est déjà le cinquième en Inde, et des foyers fréquents sont également connus au Bangladesh.

Le virus Nipah appartient au genre Henipa-Virus de la famille des Paramyxovirus, une grande famille de virus qui comprend de nombreux virus importants pour la santé humaine et animale. Le virus Nipah est un virus zoonotique dont le réservoir naturel est constitué par les renards volants du genre Pteropodidae.

Le virus Nipah n'est pas un nouveau virus, mais il est connu depuis plus de 20 ans. Il a été identifié pour la première fois en 1999 lors d'une épidémie en Malaisie, où le virus a été transmis de porcs infectés à l'homme. L'origine du virus a été trouvée dans les chauves-souris frugivores, qui ont très probablement contaminé la nourriture des porcs. L'abattage de millions de porcs a permis d'enrayer l'épidémie.

Une deuxième voie de transmission est celle des hôtes réservoirs, lorsque les roussettes contaminent les fruits et autres aliments humains par leur urine ou leurs excréments. En particulier, la sève des palmiers dattiers recueillie pendant la nuit a été identifiée comme une source d'infection, lorsque les chauves-souris se nourrissent des mêmes arbres et que l'urine ou les excréments se retrouvent dans la sève.

L'infection par le virus Nipah chez l'homme peut provoquer une maladie légère à sévère, tandis que cette dernière se caractérise généralement par une encéphalite et un taux de létalité élevé, compris entre 40 et 75 %. La transmission interhumaine peut également se produire lors de contacts étroits, notamment au sein des familles ou dans les établissements de soins de santé, en particulier en l'absence d'équipement de protection individuelle approprié.

Il n'existe pas de médicaments ni de vaccins approuvés pour cette maladie. Dans l'épidémie actuelle, des mesures de santé publique strictes sont mises en œuvre pour empêcher la propagation du virus.

Jusqu'à présent, aucun cas de virus Nipah n'a été exporté vers l'Europe, que ce soit dans le cadre de cette épidémie ou des épidémies précédentes. En raison du type de risque, de la faible transmissibilité d'une personne à l'autre et de la situation régionale de ce foyer, le risque d'importation d'un cas en Suisse ou dans d'autres pays européens est très improbable. De même, la propagation du virus Nipah en Europe ou dans d'autres régions en dehors de l'Inde et du Bangladesh est extrêmement improbable.

Ni le virus ni le type de chauves-souris ne sont endémiques en Europe.  Les chauves-souris endémiques en Europe, y compris en Suisse, ne sont pas porteuses de ce virus et il n'y a pas de risque de propagation de ce virus en dehors des zones endémiques connues.

Dans le cas improbable d'une suspicion clinique, notre Centre national de référence pour les virus émergents (CRIVE/NAVI) dispose d'un test de diagnostic pour le virus Nipah (RT-PCR).

Les cliniciens et les laboratoires impliqués dans une telle suspicion peuvent trouver toutes les informations ci-dessous :

CDC : Nipah Virus (NiV)
OMS : Nipah virus
ISID : Nipah virus

Pandémie? Se préparer aujourd'hui pour mieux répondre demain. Pre. Isabella Eckerle - Centre pour les maladies virales émergentes (HUG). Texte cosigné par la Dre Frédérique Jacquerioz Bausch, du Centre des maladies virales émergentes (HUG).

Tribune de Genève, Publié: 12.07.2023, 08h58. 

L’Organisation mondiale de la santé (OMS), l’Université de Genève (UNIGE) et les Hôpitaux universitaires de Genève (HUG) ont officialisé hier la désignation du Centre hospitalo-universitaire des maladies virales émergentes en tant que Centre collaborateur de l'OMS pour les maladies épidémiques et pandémiques. Ce dernier s’inscrit dans le partenariat de longue date entre les HUG, l’UNIGE et l'OMS, matérialisé par six centres collaborateurs en commun. Il fait suite aux nombreux travaux de ces dernières années en tant que laboratoire désigné par l’OMS comme référence pour le diagnostic du COVID-19, ainsi que pour d’autres activités.

Le 16ème symposium international sur les Nidovirus, organisé par le Centre des Maladies Virales Emergentes, par l’Institut des Maladies Infectieuses (IFIK) et l’Institut de Virologie et d’Immunologie (IVI) de l’Université de Berne, s’est tenu du 14 au 18 mai 2023 à Montreux. Durant ces 5 jours, plus de 300 chercheur.euses du monde entier ont échangé des discussions passionnantes lors de conférences et de sessions poster intéressantes portant sur la biologie des nidovirus, leur interaction avec leur hôte, leur transmission et les nouvelles approches vaccinales et médicamenteuses contre cette famille de virus. Parmi les orateur.trices figuraient notamment Maria van Kerkhove (OMS, Suisse), Christian Drosten (Hôpital de la Charité, Allemagne), Ralph Baric (Université de la Caroline du Nord, Etats-Unis) et Kanta Subbarao (Institut Doherty, Australie). Un épisode spécial du podcast This week in Virology y a été enregistré et est disponible sur https://www.microbe.tv/twiv/.  

Déploiement sur le terrain de la Dre Frederique Jacquerioz pour participer à la réponse contre la maladie à virus Marburg en Guinée Équatoriale, dans le cadre de la collaboration du Centre des Maladies Virales Emergentes avec l’OMS. 

Des membres du Centre des maladies virales émergents sont régulièrement déployés sur le terrain pour participer à la réponse aux épidémies de fièvre hémorragiques virales. Cet appui à la prise en charge clinique est notamment un des termes de référence de notre action en tant que Centre collaborateur de l’OMS pour les maladies épidémiques et pandémiques. 

La Dre Frédérique Jacquerioz est partie ce dimanche 9 avril en Guinée Equatoriale pour une mission d’un mois afin de soutenir la réponse à l’épidémie de fièvre à virus Marburg. 

A ce jour, 11 personnes sont décédées depuis le début de l’épidémie déclarée en janvier 2023, selon le  ministère de la santé de Guinée équatoriale.

En plus des 15 cas confirmés, plus d’une vingtaine de cas probables (personnes présentant une symptomatologie compatible et un lien épidémiologique avec des cas confirmés) sont décédés avant de pouvoir être testés et ne sont pas comptabilisées ici. 

Depuis le mois de janvier 2023, 2 épidémies de maladie à virus Marburg ont été déclarées en Afrique sub-saharienne : l’une en Guinée équatoriale et la seconde en Tanzanie. C’est la première occurrence d’épidémie de fièvre à virus Marburg dans ces pays.

La maladie à virus de Marburg fait partie des fièvres hémorragiques virales, comme la maladie à virus Ebola. Elle peut provoquer une fièvre hémorragique virale sévère chez l’homme, et a un taux de mortalité élevé aux alentours de 50%. Les chauves-souris de l’espèce Rousettus aegyptus sont considérées comme étant le réservoir de ce virus dans la nature. La maladie se transmet d’abord de l’animal à l’être humain, puis la transmission interhumaine a lieu par contact direct avec des fluides biologiques de personnes infectées. Il n’existe à l’heure actuelle pas de traitement spécifique validé, mais plusieurs antiviraux et vaccins sont en développement. Plus d’informations sont disponibles sur le site web de l’OMS.

Un cas de réinfection mpox (CID, 2023) - 4 Avril 2023

Un cas de réinfection mpox qui soulève la question de l’effectivité et de la durabilité de l’immunité développée contre le mpox virus suite à une infection.  Pour lire l’article en entier : https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciad147/7076064

Etude des mécanismes d’exacerbations asthmatiques lors d’infections aux rhinovirus et à l’entérovirus respiratoire D68 – 24 mars 2023

Une étude réalisée par l’équipe de la Professeure Caroline Tapparel-Vu vient d’être publiée dans la revue Frontiers in Microbiology. Le but de l’étude était de mieux comprendre les mécanismes sous-jacents à la pathogenèse des exacerbations asthmatiques lors d’infections au rhinovirus et à l’entérovirus respiratoire D68 (RVs et EV-D68). En utilisant un modèle mimant les infections virales respiratoires chez les patients, les auteurs démontrent une permissivité augmentée aux RVs et EV-D68 dans un épithélium respiratoire reconstitué in vitro à partir de donneurs asthmatiques comparé à un épithélium provenant de donneurs sains, ainsi qu’une altération globale de la fonction des cellules épithéliales. Le groupe de recherche de la Pre Caroline Tapparel-Vu collabore de longue date avec le Centre des Maladies Virales Emergentes et certains auteurs de ce papier ont depuis rejoint le Centre.  
L’article complet est à retrouver ici : https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2023.1106945/full  

Faible risque de transmission de la grippe aviaire à l’humain 

Le nombre de cas de grippe aviaire est en augmentation depuis 2020, tant chez les oiseaux sauvages que parmi les élevages de volailles. En 2020-2021, le sous-type aviaire A(H5N8) était dominant. Ce dernier a été remplacé dans l’épizootie actuelle par le sous-type A(H5N1), et plus précisément une version hautement pathogène (HPAI A(H5N1)) de celui-ci.  Ce virus HPAI A(H5N1) a été détecté non seulement dans la sauvagine, mais aussi chez d'autres espèces d'oiseaux sauvages. Des cas ont également été détectés dans d’autres animaux, notamment des mammifères (visons, phoques…). La propagation du virus entre visons est suspectée. Il est donc légitime de se poser la question de la possible transmission à l’humain, voire d’une transmission interhumaine.  

Cependant, l’Organisation Mondiale de la Santé considère actuellement le risque de transmission de la grippe aviaire à l’homme comme faible. En effet, les cas humains restent rares et concernent exclusivement des personnes vivant en contact étroit avec de la volaille ou d’autres oiseaux qui pourraient être infectés par le virus de la grippe aviaire. De plus, aucun cas de transmission interhumaine n’a été mis en évidence. 

Les symptômes chez l’humain peuvent apparaitre entre 2 et 14 jours après l’infection. Ils peuvent être de sévérité variable et semblables à ceux de la grippe saisonnière. En cas d’apparition de symptômes grippaux après une exposition à un oiseau ou à un autre animal suspecté d’être contaminé par le virus de la grippe aviaire, il convient de consulter un médecin dans les meilleurs délais. 

Les cas vétérinaires sont diagnostiqués par l’Institut de Virologie et d’Immunologie (IVI) à Mittelhäusern. Le Centre National de Référence de l’influenza (CNRI) aux Hôpitaux Universitaires de Genève dispose des tests nécessaires au diagnostic de potentiels cas humains.  

Le virus H5N1 ne fait pas partie de la composition du vaccin saisonnier, de sorte qu'une vaccination contre la grippe saisonnière ne confère pas de protection contre le virus H5N1. Il existe des candidats pour des vaccins contre le H5N1 chez l'homme, mais ces vaccins ne sont ni utilisés ni disponibles à grande échelle à ce stade. 

Afin de minimiser tout risque d’infection, veuillez éviter de toucher les oiseaux malades ou morts et veuillez annoncer leur emplacement au service vétérinaire cantonal. 

Pour plus d’informations (anglais) : 

https://www.who.int/publications/m/item/assessment-of-risk-associated-with-recent-influenza-a(h5n1)-clade-2.3.4.4b-viruses  

Les contacts des services vétérinaires cantonaux : 

https://www.blv.admin.ch/dam/blv/de/dokumente/import-export/import/adressliste-kantonalen-veterinaeraemter-db.pdf.download.pdf/Adressliste%20der%20kantonalen%20Veterinaeraemter.pdf 

La troisième édition du Symposium du Centre des maladies virales émergentes s'est tenue du 7 au 9 décembre 2022 au Campus Biotech à Genéve. Elle avait pour thème les maladies virales émergentes et leur impact sur la santé publique. Au cours des 13 sessions de conférences, 32 orateur-trices internationaux-ales ont couvert une série de sujets d'actualité dans le domaine des maladies virales émergentes, notamment le COVID-19, la variole du singe et Ebola. Le symposium a réuni plus de 250 participant(e)s internationaux-ales issu(e)s du monde universitaire, d'organisations internationales et d'ONG telles que le CDC, l'Institut Pasteur, l'OMS, FIND, MSF, dont certaines sont des partenaires de notre Centre, ainsi que des partenaires industriels.

Au cours d'une des sessions, des études récentes sur le COVID-19 ont été présentées. Elles portaient sur les nouveaux vaccins, l'immunité des muqueuses, l'immunité hybride (causée par une ancienne infection et par la vaccination) et la circulation des variants Omicron.

Dans la session consacrée au poxvirus, les orateur-trices nous ont présenté l'origine et l'évolution de la variole, les défis de l'éradication de ce virus ainsi que la récente flambée épidémique de la variole du singe.

Une demi-journée a été consacrée à la communication scientifique, la désinformation et l"infodémie" avec des présentations d'expert(e)s internationaux-ales de l'OMS, du monde académique et d'un journaliste de la revue Science. La demi-journée s'est poursuivie avec une table ronde intitulée "Science, politique et pandémies - mieux préparés pour la prochaines crise?" avec un panel d'expert(e)s suisses: Matthias Egger du Fond National Suisse, Volker Thiel de la Faculté Vetsuisse de l'Université de Berne, Alexandra Calmy des Hôpitaux Universitaires de Genève, Tanja Stadler de l'école polytechnique fédérale de Zurich et Céline Gardiol de l'Office fédéral de la santé publique. Les modérateurs-trices étaient Isabella Eckerle et Laurent Kaiser du Centre des maladies virales émergentes.

Durant les autres sessions, les présentations ont porté notamment sur la modélisation et la surveillance des maladies infectieuses par le séquençage des eaux usées, sur les nouveautés dans le domaine de la surveillance de la grippe et sur le nouveau Biohub de l'OMS situé à Spiez en Suisse. Le Professeur Gary Kobinger de l'Université de Texas et Andrew Azman de Médecins sans Frontières et de l'Université John Hopkins ont discuté des défis liés à la mise en oeuvre des vaccins et d'autres découvertes scientifiques dans la vie réelle. Une session a été consacrée au rôle de l'éthique dans les pandémies, notamment au sujet de la responsabilité internationale et de l'accès globale aux ressources.

Les "Keynote lectures" ont été données par Maria van Kerkhove de l'OMS qui a parlé de la situation actuelle du SARS-CoV-2 dans le monde, Emma Hodcroft qui a présenté le rôle de la génomique dans une pandémie, Professeur Florian Krammer qui a discuté de l'avenir des vaccins contre les virus respiratoires et Professeur Johannes Krause qui a présenté ses recherches sur l'origine et l'histoire génétique des anciens pathogènes décryptées grâce au séquençages.

L'interdisciplinarité des intervenant(e)s et le large éventail de sujets, de la virologie à la médecine clinique en passant par la santé publique, ont suscité de nombreuses discussions et échanges approfondis entre les partenaires. Un participant a résumé ces trois jours ainsi: "Ce que j'ai vraiment aimé, c'est le fait que de nombreuses disciplines, qui n'échangent pas souvent, soient rassemblées. Cela permet de découvrir les virus émergents sous de nouvelles perspectives".

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Quelques commentaires que nous avons reçus:

Merci d'avoir organisé un si grand symposium et d'avoir réuni un groupe de personnes fantastiques!

Je tiens à vous remercier d'avoir organisé ce grand symposium avec d'excellent(e)s orateurs-trices, d'inspirantes discussions et une atmosphère chaleureuse et ouverte tout au long de l'évènement et pendant les pauses! C'était vraiment génial et l'un des meilleurs symposiums auxquels j'ai participé jusqu'à présent!

Merci beaucoup d'avoir organisé le symposium: c'était très intéressant et comme à chaque fois, j'ai appris énormément!

La principale caractéristique que j'apprécie est le fait qu'elle réunit de nombreuses disciplines qui n'échangent pas souvent et permet de découvrir les virus émergents sous de nouvelles perspectives.

Le programme, les conférences et les intervenants étaient excellents.

La principale caractéristique que j'apprécie est le fait qu'elle réunit de nombreuses disciplines qui n'échangent pas souvent et permet de découvrir les virus émergents sous de nouvelles perspectives.

Le programme, les conférences et les intervenants étaient excellents.

Chères et chers collègues et amis,

Nous sommes ravis de vous annoncer le 3ème symposium du Geneva Center for Emerging Viral Diseases, qui se déroulera du 7 au 9 décembre 2022 au Campus Biotech à Genève. Le symposium de cette année s'intitulera : « COVID-19 et au-delà - Comprendre les virus émergents et leur impact sur la santé publique. »

Ce symposium aura un format hybride, vous pouvez donc choisir d'y assister en personne ou de nous rejoindre en ligne. De plus amples détails sont disponibles sur le site du symposium, qui sera régulièrement mis à jour.
  
Nous nous réjouissons de vous y voir en personne !