Il s’occupe principalement du diagnostic de routine hospitalier.
Le Centre des maladies virales émergentes est équipé d'un laboratoire de biosécurité P3 et P4D, un environnement hautement sécurisé permettant la manipulation d'agents pathogènes de catégorie 3 pour le diagnostic et la recherche, et de classe 4 pour le diagnostic.
L'expertise diagnostique du centre est le fruit de divers projets et coopérations - notamment avec le laboratoire de virologie, le CRIVE, le CNRI, le CNRR, ainsi que le laboratoire de référence pour COVID-19 dirigé par le groupe de recherche du professeur Isabella Eckerle.
Le centre a pour mission première d’assurer le plus rapidement possible, et pour toute la Suisse, le développement, la validation et la mise en application de tests de laboratoire permettant de diagnostiquer une infection par un virus émergent chez l’humain.
L’objectif du centre est de détecter le plus rapidement possible de nouvelles souches grippales qui pourraient déclencher une nouvelle pandémie.
Le centre de référence national pour influenza est également responsable de la surveillance des souches grippales Suisse et s’occupe de séquencer et caractériser les souches circulantes.
A la fois désigné par l’OFSP et par l’OMS comme laboratoire de référence, ce projet a pour but la surveillance épidémiologique en Suisse de la rougeole et rubéole et la mise à disposition de données de séquençage dans des bases de données mondiales permettant ainsi d’intégrer les résultats obtenus en Suisse dans un contexte global.
Le laboratoire de référence pour le COVID-19 fait partie des 26 laboratoires désignés par l'OMS comme référence internationale pour le diagnostic du COVID-19. Ce laboratoire, mené par la Pre Isabella Eckerle, contribue notamment en validant différentes méthodes diagnostiques du COVID-19 (Réseau de laboratoires de référence COVID-19 de l'OMS)