Un consortium international incluant l’UNIGE et les HUG précise l’origine et le mode de transmission du virus des Andes, qui s’est propagé à bord d’un navire de croisière au printemps 2026. Une collaboration internationale, à laquelle participent l’Université de Genève (UNIGE) et les Hôpitaux universitaires de Genève (HUG), confirme que l'épidémie d’hantavirus survenue à bord du M/V Hondius en avril 2026 est issue d'une contamination terrestre initiale suivie d'une transmission de personne à personne à bord. Les analyses génétiques montrent que le virus appartient à une lignée naturelle du virus des Andes circulant en Patagonie argentine. Publiés dans Science, ces travaux soulignent le rôle essentiel de la coopération scientifique pour répondre aux urgences sanitaires mondiales.
En avril 2026, un foyer d’infections respiratoires sévères, se manifestant sous la forme du syndrome pulmonaire à hantavirus (HPS), a été détecté à bord du navire de croisière M/V Hondius, parti d’Ushuaïa en Argentine, le 1er avril. Les analyses, menées par le Centre des maladies virales émergentes de l’UNIGE et des HUG, centre collaborateur de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), avaient alors permis d’identifier le virus comme appartenant à la souche des Andes. Au total, treize passagères et passagers ont été touchés, dont trois ont perdu la vie.
Deux questions restaient encore en suspens: comment le virus s’est-il propagé sur le navire et d’où provenait l’infection? «Les hantavirus se transmettent généralement par l’inhalation de poussières contaminées par les sécrétions de rongeurs sauvages. Le virus des Andes possède toutefois la capacité rare de se transmettre aussi directement d’humain à humain, lors de contacts rapprochés et prolongés», explique Isabella Eckerle, directrice du centre UNIGE/HUG, qui abrite également le laboratoire de référence de l’OFSP pour les maladies virales émergentes.
Retracer le parcours du virus
Pour en savoir plus, une collaboration internationale, à laquelle Isabella Eckerle participe activement, a mené une enquête épidémiologique et génétique. Les scientifiques ont tout d’abord observé que le premier cas s’est déclaré le 3 avril, soit très peu de temps après le départ d’Ushuaïa. En revanche, le cas «13» a développé ses symptômes le 31 mai 2026, soit 60 jours après le départ d’Argentine. Un délai qui dépasse largement la durée d’incubation maximale connue pour une contamination initiale par les rongeurs, estimée à 6 semaines. Ce volet de la recherche a en outre documenté un contact étroit et prolongé entre ce patient et un autre cas confirmé, le cas «10».
L’équipe a ensuite séquencé le génome du virus – elle a déterminé l’ordre des éléments qui composent son matériel génétique – chez dix des treize personnes touchées. Elle a constaté que ce matériel était très similaire d’un individu à l’autre. «La séquence d’apparition des symptômes, les données génomiques et les schémas de contact étroits plaident pour une introduction initiale du virus d’un rongeur à un passager, suivie d’une transmission secondaire de personne à personne à bord du navire», estime Isabella Eckerle, citant les conclusions de l’étude.
Un virus déjà connu
L’analyse montre par ailleurs que le virus de la croisière est très proche génétiquement des souches naturelles du virus des Andes circulant en Patagonie argentine. Elle permet d’écarter les rumeurs d’un virus artificiel, réassorti ou ayant subi des mutations anormales. Le consortium international a également publié un second article dans la revue Science, qui retrace l’historique de la souche du virus en Patagonie.
Ces travaux sont le fruit d’une importante collaboration internationale, notamment pour la comparaison indépendante des résultats entre les laboratoires de plusieurs pays (France, Suisse, Pays-Bas, Espagne, Canada, Sénégal et Afrique du Sud). Cette démarche a permis de renforcer la robustesse et la fiabilité des analyses génomiques ayant conduit à retracer le parcours de transmission à bord. «Cet effort international extraordinaire démontre tout ce que nous pouvons accomplir en travaillant ensemble, au-delà des institutions et des frontières. Cette expérience souligne combien il est essentiel d’investir dans les capacités nationales et les réseaux scientifiques internationaux avant qu’une crise ne survienne», conclut Isabella Eckerle.
Hantavirus pulmonary syndrome outbreak linked to cruise ship travel
10.1126/science.aej1376
Long-term local circulation of an Andes virus lineage in northern Patagonia is linked to the M/V Hondius outbreak
10.1126/science.aej1679