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Le problème des tests salivaires c’est qu’ils ne marchent pas avec les antigènes. C'est le point important. Si vous voulez délocaliser les tests en faisant des prélèvements simples vous avez des difficultés, donc on reste sur la PCR. Après le problème est plus au niveau technique. Si c'est une infirmière qui vous fait un frottis, cela paraît assez propre comme prélèvements. Imaginez maintenant que vous devez cracher dans un tube et prélever un crachat, pas un petit, puis pas uniquement de la salive, etc. Donc, il y a un problème technique.

Mais sous supervision, avec également un frottis, une collecte de salive dans des récipients adéquats, c'est une stratégie qui est possible. Nous avons des sensibilités qui sont inférieures aux frottis nasopharyngé. Ça, c'est l'autre point, probablement 10 à 15% inférieurs, en tout cas 10% inférieur sous supervision. Mais dès l'instant qu’il n'y a pas de supervision dans la collection de la salive, il est évident que l'on perd en sensibilité puis en reproductibilité du test. Ce qui fait que l’on rentre dans des domaines qui sont un peu compliqué.

En tout cas, ce n'est pas des tests qu'on recommanderait pour les patients hospitalisés, mais pour le dépistage systématique, par exemple du personnel soignant dans une institution, c'est une alternative qu'il faut envisager, mettre en place, pour répondre à ce besoin d'éviter le frottis systématique.

Pr Laurent Kaiser, Service des maladies infectieuses aux HUG

Le prélèvement n'est pas douloureux, il est désagréable. C’est un écouvillon assez souple avec une petite mousse au bout. Les gens sont formés pour le faire, ils ont une grande habitude. Mais dans certains cas, pour des personnes ayant une déviation de la cloison nasale ou ayant eu une opération au niveau du nez, nous pouvons faire un frottis oropharyngé.

Dre Frédérique Jacquérioz Bausch, Service des maladies infectieuses

On va distinguer deux situations.

La situation de quelqu'un qui a vraiment des symptômes, vient se faire tester et le résultat est négatif. C'est un test moléculaire, normalement, c'est extrêmement sensible et spécifique. Ça peut être dû à la manière de prélever. Peut-être que ça n'a pas été prélevé au bon endroit. Donc le matériel n'a pas été trouvé, c'est négatif. Et le lendemain, elle revient, le test est mieux fait et il est positif.

Ensuite, si on regarde quelqu'un qui a été malade il y a plus de 3 semaines et qui fait un test moléculaire. Là, on sait que la personne n'est plus contagieuse. Elle n’a plus de virus viable, mais elle peut avoir des restes de virus qui sont excrétés par ses cellules. Selon le moment auquel vous faites le test, vous pourriez avoir suffisamment de matériel de virus pour que le test soit positif, mais il est interprété négatif puisque c'est vraiment à distance de l'épisode aigu. Parfois, il n'y en a pas assez et le test revient négatif.

Dre Frédérique Jacquérioz Bausch, Service des maladies infectieuses

Non, il est très difficile de maîtriser cette infection, mais ce qui facilite au moment où les gens viennent faire le test, c’est que l’on sait qu'ils peuvent déjà avoir une charge virale tout à fait détectable et haute jusqu'à 48 heures avant le début des symptômes.

Donc, en principe, à partir du moment où les gens développent les symptômes, ils ont une charge virale qui est détectable par les tests que l'on a à disposition.

Dre Frédérique Jacquérioz Bausch, Service des maladies infectieuses

Il n'y a pas de confusion. Si vous êtes positif pour le Covid, c’est le Covid et si vous êtes positif pour la grippe, c'est la grippe, pour les tests moléculaires.

Dre Frédérique Jacquérioz Bausch, Service des maladies infectieuses

Dr Frédérique Jacquérioz Bausch, Service des maladies infectieuses
« Non, il n’est pas nécessaire d’être à jeun ; c’est un test qui se fait au niveau du nasopharynx avec un petit écouvillon. Il n’est pas nécessaire d’être à jeun pour ce test. » 

Oui, cette notion existe bel et bien, nous ne l’utilisons toutefois pas vraiment. La raison est simple : le frottis nasopharyngé que l’on effectue au fond de la gorge n’est pas une procédure très standardisée. Malheureusement, nous sommes obligés d’y recourir car nous n’avons pas d’autres solutions. Une comparaison peut être dressée avec le sang. En effet, lors d’une prise de sang, la quantité prélevée, qu’elle le soit aujourd’hui ou demain, sera la même, à savoir 3mL. Nous pouvons donc quantifier le virus contenu dans ces échantillons et bénéficier d’une comparaison fiable. Au contraire, lors d’un frottis au fond du nez ou de la gorge, ce ne sont pas tout à fait le même type de spécimens qui seront récoltés. De plus, dans la phase aiguë, les contaminés présenteront beaucoup de mucus qui, au bout de trois jours, pourront être bien plus ou bien moins présents, influençant ainsi les résultats. On peut donc recourir à cette notion de « taux d’infection », mais avec beaucoup de précaution et de parcimonie. 

Pr Laurent Kaiser, chef du Service des maladies infectieuses des HUG

On peut imaginer, si on les fait trop tôt, que l’on passe à côté d’une infection. Il y a deux types de tests : la sérologie et le frottis nasopharyngé. C’est du second que je parle ici, visant à détecter le matériel génétique du virus. Tous deux sont très sensibles, c’est-à-dire qu’ils sont fiables et échouent très rarement à diagnostiquer la présence du virus. Néanmoins, contrairement à une prise de sang, très standardisée et prélevant toujours 3 mL, le frottis peut lui s’avérer imparfait si la personne recule son nez, si le frottis n’est pas assez profond ou si les conditions ne permettent pas au soignant de l’effectuer comme il le faudrait. Dans ces circonstances, il est alors possible, de temps à autre, que le test s’avère négatif alors qu’il devrait être positif. À ce moment-là, si les symptômes perdurent et que le doute persiste, il ne faut pas hésiter à répéter le test. Bien entendu, ces cas restent des exceptions. 

Pr Laurent Kaiser, chef du Service des maladies infectieuses des HUG

Une fois le prélèvement en nos mains, nous allons recourir à des techniques permettant d’extraire les génomes des virus, à condition bien entendu qu’ils soient présents dans l’échantillon. Une fois ceux-ci isolés, des tests vont permettre d’amplifier une toute petite partie spécifique de ces génomes et transmettre un signal positif si le virus est présent, ou négatif s’il est absent. Il faut ensuite compter environ 4 heures pour obtenir les résultats.

Imaginez le prélèvement respiratoire d’un patient qui se retrouve dans un petit tube avec du liquide contenant des cellules humaines, de la salive, des protéines, etc... Concrètement, pour savoir si le virus est présent ou non, nous allons extraire l’ensemble du matériel génétique contenu dans le prélèvement, à savoir des génomes, des cellules et des virus, s’il y en a. Une fois mis au contact de petits outils moléculaires, il sera possible d’amplifier de manière très spécifique le génome de ce coronavirus.

Une toute petite portion de ce génome va, au fil du temps, avec cette technique d’amplification et ses réactions de polymérisation en chaîne (PCR), s’amplifier des dizaines, des centaines, des milliers voire des millions de fois, jusqu’à envoyer un signal qui soit perceptible par la machine. À nouveau, si le signal est positif, alors il y a présence du virus. Au contraire, si aucun signal n’est envoyé à la fin de l’analyse, il n’y a pas de virus.

Pascal Cherpillod, responsable du CRIVE (Centre national de Référence pour les Infections Virales Emergentes)

Les analyses en laboratoire sont traditionnelles, elles sont de type générique, telles que nous en effectuons régulièrement tous les jours. On les nomme PCR. Lors de celles-ci, on amplifie le génome des virus, leur ADN, en quelque sorte. Il s’agit alors d’identifier et définir leur présence dans les sécrétions respiratoires. En situation normale, ce virus ne devrait pas y être présent. S’il l’est, la personne est considérée comme infectée.

Pr Laurent Kaiser, chef du Service des maladies infectieuses

La réponse est à la fois simple et compliquée. Pour les médecins, c’est assez simple. Il suffit d’insérer une petite tige au fond du nez et sur la gorge, qui finira dans un tube puis analysée en laboratoire. En revanche, pour la population, cela peut paraître un peu effrayant. Cependant, je vous l’assure, le test ne fait pas mal. Il est seulement un peu désagréable, donne envie d’éternuer et risque de chatouiller un peu le fond de la gorge. Neuf fois sur dix, à part quelques éternuements, il est très bien supporté.

Pr Laurent Kaiser, chef du Service des maladies infectieuses