Le Centre CRANIO est actif dans le domaine de la recherche à Genève et en collaboration avec d'autres centres suisses. L’équipe est engagée dans une vaste gamme de projets de recherche qui couvrent des domaines allant la science fondamentale aux études portant sur les résultats des prises en charge.
Le Registre national suisse des patients atteints de fente a été créé par le Centre CRANIO en collaboration avec tous les centres de traitement des fentes en Suisse. Il est soutenu par la Société suisse des fentes labio-palatines et des anomalies crâniofaciales (SGLKG). Ce registre recueille des données sur les patients et patientes depuis 2011, fournissant ainsi de nouvelles informations sur l'épidémiologie des fentes faciales en Suisse et contribuant aux connaissances sur les anomalies crâniofaciales. Le registre est hébergé sur la plateforme de recherche du Département de pédiatrie gynécologie-obstétrique (PGO).
Les données des patientes et patients sont également saisies dans le Registre suisse des maladies rares via le dossier électronique du patient des HUG.