Surveillance variants SARS-CoV-2 - Genève et National

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Titre
Bâtiment des laboratoires (BATLab)
Adresse

Rue Gabrielle-Perret-Gentil 4
1211 Genève 14
Suisse

Titre
Demande de Résultats
Adresse

Suisse

Complément d'adresse
+41 (0)22 372 49 80
Manuel Schibler
Docteur
Manuel Schibler
Responsable du laboratoire de virologie
Circulation des variants SARS-CoV-2

Niveau national - rapport mensuel:

Région genevoise - rapport hebdomadaire:

Surveillance des mutations par PCR à Genève

Contenu

Les sous-lignées BA.4 et BA.5 d'Omicron contiennent une délétion qui entraîne un échec de l'amplification de la cible du gène S dans notre test PCR (appelée « S-gene dropout »). Cette délétion n'est pas retrouvée dans le variant BA.2 qui est devenu majoritaire en mars 2022 dans la région genevoise. Par conséquent, ce « S-gene dropout » peut être utilisé comme proxy pour suivre le remplacement de BA.2 par les lignées BA.4 et BA.5.
Comme on le voit ci-dessous, le pourcentage de tests PCR avec « S-gene dropout » a rapidement augmenté au courant du mois de juin, pendant lequel les variants BA.4/5 ont remplacé BA.2. 
Au vu de ces résultats, depuis la semaine 26, le laboratoire de virologie ne fait plus systématiquement de PCR additionnelle à la recherche du S-gene DropOut. Le suivi des variants est assuré par séquençage dans le cadre du programme national de séquençage du SARS-CoV-2.
 

S dropout detected by TaqPath RT-PCR by sample date (HUG only)

Dernière mise à jour : 27/09/2022