Surveillance génomique des virus respiratoires

Depuis le 1er mars 2021, le Centre de Référence des Infections Virales Emergentes (CRIVE) coordonne le programme national de surveillance génomique du SARS-CoV-2 sous mandat de l'Office fédéral de la santé publique (OFSP) suisse.

L'objectif initial était de détecter les variants cliniquement pertinents (en particulier ceux qui se transmettent mieux), d'évaluer leur prévalence relative et de surveiller l'émergence de mutations pouvant influencer la prise en charge clinique du Covid-19. Au fur et à mesure de la progression de la pandémie, ce mandat a été renouvelé tout en réduisant plusieurs fois le volume global de séquençage. Fin 2024, la décision a été prise d’intégrer la surveillance du SARS-CoV-2 dans un programme plus large de surveillance des virus respiratoires, qui inclut aussi le virus respiratoire syncytial (VRS) et celui de la grippe.

Actuellement, les échantillons proviennent majoritairement du système de surveillance Sentinella, supplémenté au besoin par des échantillons provenant de laboratoires d’hôpitaux cantonaux. Tous les séquençages sont effectués au Health-Genome center 2030. Les séquences obtenues grâce à ce programme sont systématiquement déposées à la fois sur la plateforme GISAID et sur la plateforme suisse de surveillance des pathogènes (SPSP). Ce travail est réalisé en étroite collaboration avec le groupe de travail scientifique national suisse COVID-19 et l'Institut suisse de bioinformatique (SIB).

L'analyse centralisée de cette surveillance nationale est réalisée en collaboration avec le groupe dirigé par le professeur Neher. L'épidémiologie des variants est accessible via Nextstrain, Covariant, Cov-Spectrum, et Genspectrum. Un rapport est publié après chaque lot de séquençage, coordonné par le Centre des Maladies Virales Emergentes (CMVE) des HUG.

Pour ces rapports, ainsi que les rapports antérieurs, veuillez consulter ci-dessous.