Les troubles du sommeil sont présent dans 13% des cas, 12 semaines après l’infection initiale.
Ils peuvent consister en une insomnie d’endormissement, en des réveils nocturnes, avec une difficulté à se rendormir ou au contraire en une hypersomnie (besoin de dormir plus longtemps). Le sommeil peut aussi être perturbé par des cauchemars ou des rêves bizarres. Une évaluation de la fatigue et la recherche de troubles neurologiques (maladie d’Alzheimer, de Parkinson etc.), métaboliques (thyroïde par exemple), symptômes de trouble de stress post-traumatique, d’anxiété, ou de dépression sont nécessaires.