Au sein des HUG, toutes les aumôneries sont placées sous la responsabilité de la Direction des affaires extérieures (DAE) et de son responsable Bruno Lab. La coordinatrice auprès des Aumôneries, Annaëlle Arki, assure le lien quotidien entre l'hôpital et ces partenaires externes.
Les aumôneries catholique (romaine) et protestante assurent une présence sur le site de Cluse-Roseraie ainsi que sur l'ensemble des autres sites où ils sont déployés (tous sauf Crans-Montana).
Les aumôneries catholique-chrétienne, chrétienne orthodoxe, juive et musulmane fonctionnent sur appel.
Les aumôneries intégrées aux HUG font partie :
- du Pôle santé de l'Église protestante de Genève qui coordonne tous les ministères dont la mission essentielle est l'accompagnement des personnes au sein des HUG, des EMS et des prisons.
- de la Pastorale de la santé de l'Église catholique romaine réunissant les aumôneries des différents sites hospitaliers, des cliniques privées et des EMS du canton de Genève. Elle est un lieu d'échange et de formation. Son bureau porte le souci de pourvoir à tous les postes d'aumônerie en lien avec les structures de l'Église catholique romaine à Genève.