Les aumôneries, dans le cadre de la formation des auxiliaires d'aumônerie, proposent, tous les deux ans environ, une formation théologique en plusieurs modules (FOT).
Ces modules sont préparés et animés avec l'aide des services de formation pour adultes des Églises catholique romaine, protestante et catholique-chrétienne.
D'autre part, le Bureau de la Pastorale de la santé de l'Église catholique romaine à Genève (ECR) et le Pôle santé de l'Église protestante de Genève (EPG) organisent, plusieurs fois par an, des après-midis ou soirées œcuméniques de formation ouverts à toutes et tous et, plus particulièrement, aux personnes qui font de l'accompagnement.